Tot 1 januari 2012 maakte Windesheim, samen met de Vrije Universiteit (VU) en het VU medisch centrum (VUmc), deel uit van de Vereniging VU-Windesheim. Eind 2011 is besloten tot splitsing van de Vereniging; daarbij zijn de Stichting Christelijke Hogeschool Windesheim en de Stichting VU-VUmc opgericht. Beide stichtingen hebben een eigen bestuur en raad van toezicht.
Doel van de Vereniging
De Vereniging is, onder de naam ‘VU-Vereniging’, blijven bestaan als maatschappelijk netwerk voor iedereen die een band heeft met de VU, VUmc of Windesheim en zich betrokken voelt bij hun identiteit en de activiteiten van VU Connected. De relatie met de instellingen is geborgd door personele unies tussen bestuur en Raden van Toezicht en door de inhoudelijke agenda: de instellingen VU, VUmc en Windesheim stellen samen met de VU-Vereniging meerjarenplannen op waarin wordt vastgelegd op welke wijze de instellingen en de Vereniging vormgeven aan de identiteit en de maatschappelijke verbinding.